中心实验室目前为中国煤炭尘肺病研究室，为部级重点实验室，为应急总医院科研平台，同时兼临床实验室。主要从事科研和放射人员染色体、微核检测工作，以及呼吸、肿瘤领域部分临床检测项目。实验室目前有3名研究人员，两名博士或博士以上学历，一名硕士学历。其中高级职称1人，中级职称2人，另有技术人员2名。 中心实验室大致分为四部分，基础实验室、细胞实验室、显微镜室和流式细胞仪实验室。主要仪器有各种显微镜，包括荧光显微镜、光学显微镜、普通倒置显微镜等，流式细胞仪，各种离心机，电泳仪，凝胶成像系统，恒温培养箱，二氧化碳恒温培养箱，二级生物安全柜等，可开展多种分子生物学、细胞学及免疫学实验及各种临床相关检测。 中心实验室目前开展的临床检测项目有降钙素原（PCT）检测 、T/B淋巴细胞亚群检测、肺泡灌洗液细胞计数及分类检测、结核杆菌特异性细胞免疫反应（A.TB）、半乳甘露聚糖检测、肺癌7种自身抗体检测、肝癌三联检测、细胞因子检测、人淋巴细胞染色体畸变检查、人淋巴细胞微核检查、气管镜下快速现场评价检测等。