应急总医院药学部成立于1993年，经过30年的不断拓展，结合医院转型和特色服务创新，由从最初的以传统药房为中心的药品供应体系，逐渐发展为以药品供应与调剂为基础，以药物咨询与评价为药学服务主体，以救援保障为发展特色、实习教研于一体的综合性药事管理部门。全科设有门急诊药房、东区药房、住院药房、中草药房、临床药学室、药物/医疗器械临床试验机构、静脉用药集中调配中心等。药学部现有药学专业技术工作人员35名，硕士及以上学历人员16人；高级职称5人，中级职称15人，硕士生导师1人；拥有完成卫生健康委员会临床药师规范化培训的临床药师6人，服务覆盖十余个专业方向。药学部共有20余人次担任国家级及省级学术团体的主任委员、副主任委员、常务委员、委员等职务，4人次担任核心期刊杂志编委。 除药品供应外，药学部还承担着医院合理用药评价（卫生技术评估）、药学会诊、患者用药教育、处方前置审核与点评、药物不良反应监测、合理用药及抗菌药物管理、带量采购药品实施、中国救援队药品保障等工作，是“国家卫健委抗菌药物临床应用监测网中心成员单位”“中国药学会全国医药信息网网员单位”“PCCM咳喘药学门诊”“推动中国抗菌药物规范管理能力建设导向计划（ASP）”“省市级肿瘤患者营养指导中心优秀单位”。 应急总医院国家药物临床试验机构拥有5个药物临床试验备案专业：神经内科、内分泌、心血管、耳鼻咽喉、普通外科；医疗器械临床试验备案专业27个，主要研究者23名。截至2024年，共承接临床试验195项，其中药物临床试验87项，医疗器械临床试验108项，总试验合同额近五千万元。 近五年药学部发表SCI论文19篇，以第一作者或通讯作者发表核心期刊25篇；参编专著9部，共承担课题13余项；获“煤炭工业协会科技进步”三等奖一项，获得国家实用新型专利5项。 药学部的宗旨是坚持“以病人为中心，质量第一，积极开展多层次的药学服务，确保临床用药及时、准确、合理”。