应急总医院职业病科是集职业病临床医疗、职业病诊断、职业健康检查、教学、科研为一体的综合科室。职业病科于2011年4月取得职业健康检查及职业病诊断资质，目前职业病科具有职业病诊断资质43项及职业健康检查资质46项。

职业病科现有主任医师1名，副主任医师1名，主治医师1名，医师2名，硕士生导师1名。应急总医院具有国家尘肺病诊断医师资格人员12名，北京市职业病诊断资格证书人员25名，具备了尘肺病或职业病诊断、治疗、职业病健康检查专业知识及能力，并熟悉职业病防治的相关法律、法规、标准和技术规范。

职业病科开设职业病专科门诊、专家门诊、职业健康检查门诊。职业健康检查主检医师由从事30余年职业病临床工作经验的主任医师承担。尘肺病治疗包括尘肺病综合治疗、大容量肺灌洗治疗等是专业特色治疗。